Система КБНТИ имеет трехзвенную клиент-серверную архитектуру.

Клиентское приложение (оба — полный клиент и веб-клиент) не содержит данных и логики работы системы. Вся логика работы с системой находится на сервере приложений. Все данные системы, за исключением файлов (электронных документов или их копий), хранятся в СУБД. Электронные документы или их копии располагаются в отдельном файловом хранилище, имеющей определенную структуру.

Преимущества такой архитектуры очевидны:

Безопасность и защищенность — клиентское приложение КБНТИ не имеет прямого доступа к данным — только через функции сервера приложений.

Гибкость — и с точки зрения изменения логики работы системы КБНТИ, и с точки зрения распределения нагрузки — звенья системы могут быть размещены на различных аппаратных или виртуальных средствах и таким образом снижена нагрузка на отдельно взятый элемент. Например, сервер приложений и СУБД могут располагаться на разных серверах, а файловая структура размещаться на независимом RAID-массиве.

Невысокие требования к клиентским машинам за счет выполнения ресурсоемких операций сервером приложений и решающих теперь только задачи визуализации данных. Клиентские приложения системы КБНТИ представляют собой «тонкого» клиента, который не перегружен функциями обработки данных, а выполняет роль представления информации, поступающей с сервера приложений в системе. Клиентские интерфейсы реализованы с помощью стандартных средств Web-технологии — браузера и Java, что уменьшает объем данных, передаваемых между клиентом и сервером приложений и позволяет подключать клиентские компьютеры даже по медленным линиям типа телефонных каналов.